1653年（承応2年）に作られた「川口村水門」に由来する。

水門川・岐阜県大垣市笠縫町付近に源を発し、大垣市街を大垣城に沿うように流れる。大垣市内の中之江川などの中小河川、排水路を合わせ、安八郡輪之内町塩喰で揖斐川の支流である牧田川に合流する。

水門川は、1635年（寛永12年）大垣藩主として大垣城に入城した戸田氏鉄により大垣城の外堀として築かれた。水門川は、大垣城の外堀のみならず、揖斐川を介して大垣船町と桑名宿を結ぶ船運の運河の役割を持っていた。松尾芭蕉の奥の細道のむすびの地は大垣船町であり、芭蕉は船町から水門川を船で下り、桑名宿へ向かい江戸に戻っている。現在でも水門川の一部を大垣運河と呼ぶ場合があり、川湊であった船町港には住吉灯台も残っている。

大垣駅東の愛宕神社から船町の奥の細道むすびの地までの約2.2kmは水門川遊歩道四季の路として整備されている。船町にある船町公園は桜の名所として有名である。
update:2009年11月09日